Le Cinquième Laboratoire est un des laboratoires alchimiques sous le contrôle de l'armée et qui a été laissé à l'abandon à cause d’échecs successifs. Il est situé à la périphérie de la ville à côté d'une prison. Bien que le laboratoire n°5 dit avoir officiellement arrêté ses activités, l'enquête des frères Elric révèle que la porte de l'immeuble était gardée par un soldat armé et un haut mur surplombé par des fils barbelés semblent vouloir dissuader les curieux. Des pièges et des alarmes ont également été placés à l'intérieur. La lumière est resté allumée juste assez pour permettre le passage à travers les installations. En outre, les lourds secrets du cinquième laboratoire sont gardés par Numéro 48 et Numéro 66. Le bâtiment a également été truffés d'explosifs, de sorte qu'ils pourraient être déclenchées à tout moment.
Il est situé à côté de la Prison de Central, à partir de laquelle, les «ingrédients» ont été pris parmi les condamnés à mort. Après qu'Edward soit au cœur du cinquième laboratoire et rencontré les Frères Slicer, Lust et Envy, le bâtiment explose, détruisant ainsi toutes preuves des expérimentations humaines qui se passaient à l'intérieur. Il est révélé plus tard que tous les scientifiques impliqués avec le Laboratoire 5 avaient disparu mystérieusement quelques jours avant sa destruction, et il se laissr entendre qu'ils ont été utilisés comme ingrédients pour La Pierre Philosophale. Le laboratoire a également été sous la juridiction du général de brigade Basque Grand, déjà assassiné par Scar au moment où Alphonse et Edward le découvrirent.
La vérité sur la fonction première du Laboratoire n°5 est révélé plus tard et, est bien plus sinistre que celle découverte par Ed. En réalité, le Cinquième laboratoire ainsi que les quatre autres laboratoires alchimiques de la ville, forment les coins d'un grand pentagone qui englobent Central City. En outre, il s'agit du Cercle de Transmutation National créé par Père . En plus d'être une partie de la transmutation Cercle National conçue pour pouvoir condenser toutes les âmes d'Amestris dans une pierre philosophale géante, le cercle à l'intérieur du Centre a un autre but. Lorsqu'il est activé, tous les alchimistes au sein de son périmètre qui ont tenté la transmutation humaine sont démontés, mis à la porte, puis conduits dans l'antre de Père pour devenir des sacrifices humains pour le Jour Promis.
Animé de 2003[]
Dans l'animé de 2003, le cinquième laboratoire était également le lieu d'expérimentations de nombreuses chimères humaines et animales qui aident à garder le bâtiment. De plus, il a également servi de prison alchimique pour le l'homunculus Greed, enfermé il y a plus de 130 ans.